基因组序列分析是生物信息学预测基因功能的重要手段之一。通过对基因组序列进行比对、拼接、组装和注释，可以识别基因及其编码产物，为后续研究提供基础数据。
蛋白质组学研究通过对蛋白质的表达和修饰进行分析，可以揭示基因的功能和调控机制。通过比较不同组织或不同生理状态的蛋白质表达谱，可以发现与特定生物学过程相关的关键蛋白质及其相互作用。
基因与蛋白质互作网络是研究基因功能的重要方法之一。通过构建基因与蛋白质互作网络，可以揭示基因及其编码产物之间的相互作用和调控关系，从而预测基因的功能。
基因编码区变异分析可以揭示基因在不同物种或群体中的变异情况，为研究基因的功能和进化提供重要信息。通过对编码区变异进行统计和分析，可以识别与特定疾病或表型相关的关键变异位点。
转录因子结合位点预测是通过生物信息学方法预测转录因子与DA序列的结合位点。通过对结合位点进行分析，可以揭示转录因子的调控机制和基因的转录调控网络。
基因表达模式分析是通过比较不同组织或不同生理状态下基因的表达水平，揭示基因的表达模式和调控机制。通过基因表达模式分析，可以识别与特定生物学过程相关的关键基因。
基因功能聚类分析是通过将基因根据其表达模式、序列特征或相互作用关系进行聚类，将具有相似特征的基因归为一类，从而预测基因的功能。通过聚类分析，可以识别与特定生物学过程或疾病相关的基因簇。
系统生物学研究是通过构建和分析复杂系统来研究生物体的整体特征和行为。在基因功能预测方面，系统生物学研究可以帮助我们理解基因之间的相互作用和调控关系，从而更全面地揭示基因的功能和生物学过程。
